คณะ
- คณะครุศาสตร์
- คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี
- คณะวิทยาการจัดการ
- คณะมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์
- โครงการจัดตั้งคณะวิศวกรรมศาสตร์
- โครงการจัดตั้งวิทยาลัยนานาชาติ
- โครงการบัณฑิตศึกษา
สำนัก/สถาบัน/ศูนย์และหน่วยงานในมหาวิทยาลัย
- สำนักงานอธิการบดี
- กองกลาง
- กองนโยบายและแผน
- กองพัฒนานักศึกษา
- กองคลังและพัสดุ
- กองพัฒนาระบบบริหาร
- กลุ่มงานกฎหมายและวินัย
- กลุ่มงานรายได้ ทรัพย์สิน ศูนย์บ่มเพาะวิสาหกิจและสหกิจศึกษา
- กองบริการการศึกษาและบริการวิชาการ (หน่วยงานบริหาร มหาวิทยาลัยราชภัฏธนบุรี สมุทรปราการ)
- สำนักส่งเสริมวิชาการและงานทะเบียน
- สถาบันวิจัยและพัฒนา
- สำนักศิลปะและวัฒนธรรม
- สำนักวิทยบริการและเทคโนโลยีสารสนเทศ (หอสมุด)